Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VAMP4O75379 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.7 ms