Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.8 ms