Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.55
SHANK3Q9BYB0 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SHANK3Q9BYB0 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms