Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.5 ms