Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE3Q6ZMZ3 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms