Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms