Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Z3

HCN3, Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 3, humanhuman

Predictions only

Length 774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HCN3Q9P1Z3 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
HCN3Q9P1Z3 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
HCN3Q9P1Z3 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
HCN3Q9P1Z3 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
HCN3Q9P1Z3 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
HCN3Q9P1Z3 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
HCN3Q9P1Z3 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
HCN3Q9P1Z3 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
HCN3Q9P1Z3 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
HCN3Q9P1Z3 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
HCN3Q9P1Z3 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
HCN3Q9P1Z3 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
HCN3Q9P1Z3 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms