Protein–RNA interactions for Protein: Q9NTJ3

SMC4, Structural maintenance of chromosomes protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,288 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMC4Q9NTJ3 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMC4Q9NTJ3 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMC4Q9NTJ3 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.5 ms