Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.4 ms