Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 AC010735.2-201ENST00000607970 584 ntTSL 4 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.3 ms