Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS28Q9UK41 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
VPS28Q9UK41 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS28Q9UK41 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS28Q9UK41 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS28Q9UK41 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS28Q9UK41 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS28Q9UK41 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS28Q9UK41 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS28Q9UK41 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS28Q9UK41 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS28Q9UK41 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS28Q9UK41 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS28Q9UK41 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS28Q9UK41 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS28Q9UK41 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS28Q9UK41 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS28Q9UK41 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS28Q9UK41 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS28Q9UK41 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS28Q9UK41 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS28Q9UK41 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS28Q9UK41 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
VPS28Q9UK41 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms