Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIMA1Q9UHB6 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
LIMA1Q9UHB6 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
LIMA1Q9UHB6 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
LIMA1Q9UHB6 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
LIMA1Q9UHB6 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
LIMA1Q9UHB6 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
LIMA1Q9UHB6 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
LIMA1Q9UHB6 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
LIMA1Q9UHB6 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
LIMA1Q9UHB6 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
LIMA1Q9UHB6 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
LIMA1Q9UHB6 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
LIMA1Q9UHB6 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
LIMA1Q9UHB6 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC27.83■■■□□ 2.05
LIMA1Q9UHB6 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.04
LIMA1Q9UHB6 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
LIMA1Q9UHB6 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
LIMA1Q9UHB6 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
LIMA1Q9UHB6 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
LIMA1Q9UHB6 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
LIMA1Q9UHB6 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
LIMA1Q9UHB6 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
LIMA1Q9UHB6 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
LIMA1Q9UHB6 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
LIMA1Q9UHB6 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
LIMA1Q9UHB6 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
LIMA1Q9UHB6 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
LIMA1Q9UHB6 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
LIMA1Q9UHB6 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
LIMA1Q9UHB6 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
LIMA1Q9UHB6 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
LIMA1Q9UHB6 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
LIMA1Q9UHB6 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
LIMA1Q9UHB6 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
LIMA1Q9UHB6 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC27.65■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC27.65■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
LIMA1Q9UHB6 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
LIMA1Q9UHB6 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
LIMA1Q9UHB6 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
LIMA1Q9UHB6 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
LIMA1Q9UHB6 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC27.63■■■□□ 2.01
LIMA1Q9UHB6 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
LIMA1Q9UHB6 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
LIMA1Q9UHB6 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
LIMA1Q9UHB6 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
LIMA1Q9UHB6 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
LIMA1Q9UHB6 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
LIMA1Q9UHB6 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
LIMA1Q9UHB6 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
LIMA1Q9UHB6 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC27.6■■■□□ 2.01
LIMA1Q9UHB6 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms