Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC32.76■■■□□ 2.83
CCDC87Q9NVE4 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC32.76■■■□□ 2.83
CCDC87Q9NVE4 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC32.75■■■□□ 2.83
CCDC87Q9NVE4 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC32.75■■■□□ 2.83
CCDC87Q9NVE4 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
CCDC87Q9NVE4 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC32.75■■■□□ 2.83
CCDC87Q9NVE4 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
CCDC87Q9NVE4 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
CCDC87Q9NVE4 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
CCDC87Q9NVE4 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC32.72■■■□□ 2.83
CCDC87Q9NVE4 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC32.72■■■□□ 2.83
CCDC87Q9NVE4 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC32.72■■■□□ 2.83
CCDC87Q9NVE4 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
CCDC87Q9NVE4 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
CCDC87Q9NVE4 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
CCDC87Q9NVE4 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC32.7■■■□□ 2.83
CCDC87Q9NVE4 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.82
CCDC87Q9NVE4 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
CCDC87Q9NVE4 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC32.69■■■□□ 2.82
CCDC87Q9NVE4 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
CCDC87Q9NVE4 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
CCDC87Q9NVE4 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
CCDC87Q9NVE4 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
CCDC87Q9NVE4 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
CCDC87Q9NVE4 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC32.68■■■□□ 2.82
CCDC87Q9NVE4 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC32.67■■■□□ 2.82
CCDC87Q9NVE4 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
CCDC87Q9NVE4 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
CCDC87Q9NVE4 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC32.67■■■□□ 2.82
CCDC87Q9NVE4 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
CCDC87Q9NVE4 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC32.66■■■□□ 2.82
CCDC87Q9NVE4 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
CCDC87Q9NVE4 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
CCDC87Q9NVE4 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC32.65■■■□□ 2.82
CCDC87Q9NVE4 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC32.65■■■□□ 2.82
CCDC87Q9NVE4 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.65■■■□□ 2.82
CCDC87Q9NVE4 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
CCDC87Q9NVE4 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC32.63■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC32.63■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC32.63■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC32.62■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC32.62■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC32.61■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC32.61■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC32.6■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC32.6■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC32.6■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.58■■■□□ 2.81
CCDC87Q9NVE4 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC32.57■■■□□ 2.8
CCDC87Q9NVE4 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC32.57■■■□□ 2.8
CCDC87Q9NVE4 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
CCDC87Q9NVE4 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC32.56■■■□□ 2.8
CCDC87Q9NVE4 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
CCDC87Q9NVE4 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC32.56■■■□□ 2.8
CCDC87Q9NVE4 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
CCDC87Q9NVE4 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
CCDC87Q9NVE4 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC32.55■■■□□ 2.8
CCDC87Q9NVE4 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
CCDC87Q9NVE4 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
CCDC87Q9NVE4 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
CCDC87Q9NVE4 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.54■■■□□ 2.8
CCDC87Q9NVE4 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC32.54■■■□□ 2.8
CCDC87Q9NVE4 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC32.53■■■□□ 2.8
CCDC87Q9NVE4 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
CCDC87Q9NVE4 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC32.53■■■□□ 2.8
CCDC87Q9NVE4 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
CCDC87Q9NVE4 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
CCDC87Q9NVE4 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC32.52■■■□□ 2.8
CCDC87Q9NVE4 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC32.52■■■□□ 2.8
CCDC87Q9NVE4 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC32.51■■■□□ 2.8
CCDC87Q9NVE4 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC32.51■■■□□ 2.79
CCDC87Q9NVE4 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC32.51■■■□□ 2.79
CCDC87Q9NVE4 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC32.51■■■□□ 2.79
CCDC87Q9NVE4 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.5■■■□□ 2.79
CCDC87Q9NVE4 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
CCDC87Q9NVE4 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
CCDC87Q9NVE4 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
CCDC87Q9NVE4 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
CCDC87Q9NVE4 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC32.48■■■□□ 2.79
CCDC87Q9NVE4 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.48■■■□□ 2.79
CCDC87Q9NVE4 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC32.48■■■□□ 2.79
CCDC87Q9NVE4 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC32.48■■■□□ 2.79
CCDC87Q9NVE4 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
CCDC87Q9NVE4 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
CCDC87Q9NVE4 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
CCDC87Q9NVE4 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC32.47■■■□□ 2.79
CCDC87Q9NVE4 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC32.46■■■□□ 2.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.2 ms