Protein–RNA interactions for Protein: Q9H400

LIME1, Lck-interacting transmembrane adapter 1, humanhuman

Predictions only

Length 295 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIME1Q9H400 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIME1Q9H400 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIME1Q9H400 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIME1Q9H400 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
LIME1Q9H400 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIME1Q9H400 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIME1Q9H400 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIME1Q9H400 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIME1Q9H400 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIME1Q9H400 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIME1Q9H400 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIME1Q9H400 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIME1Q9H400 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIME1Q9H400 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIME1Q9H400 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIME1Q9H400 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIME1Q9H400 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.4 ms