Protein–RNA interactions for Protein: Q07654

TFF3, Trefoil factor 3, humanhuman

Predictions only

Length 80 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TFF3Q07654 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TFF3Q07654 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TFF3Q07654 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TFF3Q07654 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.19
TFF3Q07654 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
TFF3Q07654 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TFF3Q07654 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TFF3Q07654 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TFF3Q07654 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TFF3Q07654 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TFF3Q07654 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TFF3Q07654 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms