Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIM2P55344 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIM2P55344 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIM2P55344 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIM2P55344 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIM2P55344 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIM2P55344 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
LIM2P55344 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
LIM2P55344 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
LIM2P55344 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIM2P55344 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIM2P55344 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
LIM2P55344 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
LIM2P55344 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
LIM2P55344 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIM2P55344 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIM2P55344 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIM2P55344 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIM2P55344 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIM2P55344 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIM2P55344 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIM2P55344 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIM2P55344 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIM2P55344 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIM2P55344 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIM2P55344 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIM2P55344 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIM2P55344 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIM2P55344 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIM2P55344 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
LIM2P55344 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
LIM2P55344 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
LIM2P55344 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
LIM2P55344 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
LIM2P55344 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
LIM2P55344 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
LIM2P55344 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
LIM2P55344 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
LIM2P55344 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
LIM2P55344 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIM2P55344 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIM2P55344 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIM2P55344 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIM2P55344 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIM2P55344 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIM2P55344 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIM2P55344 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIM2P55344 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIM2P55344 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIM2P55344 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIM2P55344 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIM2P55344 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIM2P55344 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIM2P55344 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
LIM2P55344 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIM2P55344 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIM2P55344 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIM2P55344 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIM2P55344 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIM2P55344 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIM2P55344 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIM2P55344 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIM2P55344 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIM2P55344 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
LIM2P55344 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIM2P55344 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIM2P55344 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIM2P55344 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIM2P55344 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIM2P55344 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIM2P55344 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIM2P55344 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIM2P55344 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIM2P55344 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIM2P55344 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIM2P55344 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIM2P55344 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIM2P55344 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIM2P55344 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIM2P55344 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIM2P55344 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIM2P55344 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIM2P55344 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIM2P55344 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIM2P55344 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIM2P55344 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIM2P55344 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
LIM2P55344 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIM2P55344 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIM2P55344 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIM2P55344 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIM2P55344 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIM2P55344 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
LIM2P55344 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIM2P55344 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
LIM2P55344 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIM2P55344 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIM2P55344 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIM2P55344 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIM2P55344 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.7 ms