Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC28.64■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
COL6A1P12109 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
COL6A1P12109 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
COL6A1P12109 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
COL6A1P12109 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC28.61■■■□□ 2.17
COL6A1P12109 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
COL6A1P12109 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
COL6A1P12109 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
COL6A1P12109 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
COL6A1P12109 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL6A1P12109 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL6A1P12109 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL6A1P12109 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL6A1P12109 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL6A1P12109 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
COL6A1P12109 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC28.59■■■□□ 2.17
COL6A1P12109 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
COL6A1P12109 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
COL6A1P12109 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL6A1P12109 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL6A1P12109 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL6A1P12109 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
COL6A1P12109 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL6A1P12109 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL6A1P12109 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
COL6A1P12109 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL6A1P12109 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL6A1P12109 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL6A1P12109 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL6A1P12109 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL6A1P12109 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL6A1P12109 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
COL6A1P12109 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL6A1P12109 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL6A1P12109 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL6A1P12109 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL6A1P12109 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL6A1P12109 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL6A1P12109 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
COL6A1P12109 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
COL6A1P12109 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
COL6A1P12109 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL6A1P12109 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL6A1P12109 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL6A1P12109 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.8 ms