Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXD4P09016 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXD4P09016 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXD4P09016 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXD4P09016 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXD4P09016 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXD4P09016 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXD4P09016 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXD4P09016 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXD4P09016 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXD4P09016 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXD4P09016 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXD4P09016 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXD4P09016 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
HOXD4P09016 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXD4P09016 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXD4P09016 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.8 ms