Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
USP53Q70EK8 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms