Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.3 ms