Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC22.02■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC22.02■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC22■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SMARCA1P28370 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms