Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms