Protein–RNA interactions for Protein: Q96IU2

ZBED3, Zinc finger BED domain-containing protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 234 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZBED3Q96IU2 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC22.64■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
ZBED3Q96IU2 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZBED3Q96IU2 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms