Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC26.07■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.07■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC26.06■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC26.06■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC26.05■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC26.03■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.7 ms