Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP54Q70EL1 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC25.58■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms