Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 N4BP2L1-210ENST00000613078 2032 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms