Protein–RNA interactions for Protein: O15347

HMGB3, High mobility group protein B3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGB3O15347 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 TNR-201ENST00000263525 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 RUNX1-201ENST00000300305 6222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 ARHGEF6-202ENST00000370620 4764 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 ARMC5-203ENST00000457010 4844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 RALGAPA1-201ENST00000307138 7911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 TNFRSF11A-202ENST00000586569 8147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 VAV2-201ENST00000371850 4837 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 MFSD4B-201ENST00000368847 5958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 C18orf25-206ENST00000619301 5264 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 TAP2-205ENST00000620123 5676 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HMGB3O15347 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms