Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
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