Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC43Q96MW1 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC43Q96MW1 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms