Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SKA3Q8IX90 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.5 ms