Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SYNE3Q6ZMZ3 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39 ms