Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.1 ms