Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
TCOF1Q13428 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.24
TCOF1Q13428 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
TCOF1Q13428 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
TCOF1Q13428 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC29.01■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC29.01■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC29■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC28.99■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.99■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC28.99■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.99■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.98■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC28.97■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC28.97■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC28.96■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
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