Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIG1P18858 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIG1P18858 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIG1P18858 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIG1P18858 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIG1P18858 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIG1P18858 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIG1P18858 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIG1P18858 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIG1P18858 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIG1P18858 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIG1P18858 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIG1P18858 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIG1P18858 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG1P18858 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG1P18858 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG1P18858 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG1P18858 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG1P18858 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG1P18858 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG1P18858 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG1P18858 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG1P18858 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG1P18858 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG1P18858 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG1P18858 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG1P18858 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG1P18858 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG1P18858 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG1P18858 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG1P18858 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG1P18858 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG1P18858 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIG1P18858 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIG1P18858 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIG1P18858 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIG1P18858 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIG1P18858 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIG1P18858 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms