Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.1 ms