Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.64■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC18.64■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
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