Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms