Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC18.69■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC18.67■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC18.67■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
USP53Q70EK8 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
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