Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SYNE3Q6ZMZ3 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms