Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 EIF4G2-202ENST00000396525 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.15□□□□□ -0.955e-6■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 EIF4G2-205ENST00000525681 3654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.94□□□□□ -0.985e-6■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 ENO2-203ENST00000534977 351 ntTSL 38.81□□□□□ -14e-7■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 EIF4G2-208ENST00000526148 4001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.38□□□□□ -1.075e-6■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 ENO2-213ENST00000543975 416 ntTSL 55.75□□□□□ -1.494e-7■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 ATP6V0A1-212ENST00000587375 546 ntTSL 47.61□□□□□ -1.194e-7■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 ATP6V0A1-224ENST00000592324 585 ntTSL 46.49□□□□□ -1.374e-7■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 ATP6V0A1-222ENST00000589727 664 ntTSL 54.82□□□□□ -1.644e-7■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 STAT2-208ENST00000557156 539 ntTSL 47.54□□□□□ -1.23e-26■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 NDRG1-210ENST00000518480 558 ntTSL 416.45■□□□□ 0.228e-7■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 NDRG1-211ENST00000519228 729 ntTSL 412.98□□□□□ -0.338e-7■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 NDRG1-225ENST00000522890 581 ntTSL 512.73□□□□□ -0.378e-7■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 NDRG1-206ENST00000518010 581 ntTSL 412.35□□□□□ -0.438e-7■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 NDRG1-214ENST00000520230 582 ntTSL 411.49□□□□□ -0.578e-7■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 NDRG1-213ENST00000519580 550 ntTSL 510.55□□□□□ -0.728e-7■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.433e-8■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 TRAP1-201ENST00000246957 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.373e-8■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 TRAP1-216ENST00000576335 645 ntTSL 510.55□□□□□ -0.723e-8■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 MAN2C1-220ENST00000564785 4820 ntTSL 514.72□□□□□ -0.053e-7■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 DECR2-215ENST00000633025 561 ntTSL 512.84□□□□□ -0.355e-13■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 CYP2W1-205ENST00000468456 557 ntTSL 415.68■□□□□ 0.12e-25■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 CYP2W1-204ENST00000462453 566 ntTSL 414.5□□□□□ -0.092e-25■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.883e-7■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 ZNF276-209ENST00000568295 2206 ntTSL 226.71■■□□□ 1.873e-7■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.963e-7■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 ZNF276-204ENST00000562530 1826 ntTSL 215.13■□□□□ 0.013e-7■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 ATG4B-219ENST00000479941 374 ntTSL 29.91□□□□□ -0.822e-6■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 FLNA-207ENST00000422373 8486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.042e-6■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 FLNA-201ENST00000344736 7932 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.31□□□□□ -0.122e-6■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 FLNA-206ENST00000420627 8225 ntTSL 514.21□□□□□ -0.142e-6■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 FLNA-203ENST00000369850 8382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.172e-6■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 FLNA-204ENST00000369856 8241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.222e-6■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 FLNA-219ENST00000610817 7595 ntTSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.272e-6■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 FLNA-202ENST00000360319 8281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.312e-6■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 GAPDH-211ENST00000619601 1086 ntTSL 5 BASIC9.57□□□□□ -0.881e-6■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 CCDC142-203ENST00000454193 2309 ntTSL 220.6■□□□□ 0.894e-7■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 TTYH3-205ENST00000429448 756 ntTSL 210.06□□□□□ -0.87e-8■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 CNNM3-203ENST00000465224 2607 ntTSL 1 (best)10.59□□□□□ -0.714e-8■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.472e-6■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 UVSSA-203ENST00000503548 4819 ntTSL 217.73■□□□□ 0.432e-6■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 PRKCSH-203ENST00000586486 1613 ntTSL 1 (best)16■□□□□ 0.151e-10■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 PRKCSH-211ENST00000590098 795 ntTSL 215.26■□□□□ 0.031e-10■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 UVSSA-208ENST00000511563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.28□□□□□ -0.122e-6■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 PRKCSH-204ENST00000587290 780 ntTSL 212.97□□□□□ -0.331e-10■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 AMDHD2-204ENST00000561487 701 ntTSL 212.62□□□□□ -0.393e-7■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 AMDHD2-213ENST00000566947 453 ntTSL 211.88□□□□□ -0.513e-7■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 GPAT4-211ENST00000523906 664 ntTSL 58.6□□□□□ -1.038e-9■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 CAMSAP3-203ENST00000593434 323 ntTSL 312.82□□□□□ -0.366e-18■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 DENND4B-202ENST00000368646 3781 ntAPPRIS ALT2 TSL 515.26■□□□□ 0.031e-6■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 EXOC3L4-207ENST00000560925 2341 ntTSL 224.95■■□□□ 1.582e-7■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 P4HB-222ENST00000576380 943 ntTSL 317.86■□□□□ 0.451e-8■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 TJAP1-210ENST00000454762 3268 ntTSL 1 (best)10.83□□□□□ -0.683e-7■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 MROH1-211ENST00000544576 3673 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.312e-6■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 RHOT2-202ENST00000561711 644 ntTSL 318.58■□□□□ 0.561e-6■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 AKT2-220ENST00000486647 457 ntTSL 312.69□□□□□ -0.381e-6■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 DUS1L-203ENST00000538833 1250 ntTSL 1 (best)15.48■□□□□ 0.077e-7■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 DUS1L-210ENST00000578846 4456 ntTSL 214.68□□□□□ -0.067e-7■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 HAUS4-207ENST00000553794 570 ntTSL 519.3■□□□□ 0.685e-7■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 ZNF687-202ENST00000336715 4831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best)17.61■□□□□ 0.415e-7■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 ZNF687-201ENST00000324048 5378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.355e-7■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 HAUS4-215ENST00000554651 815 ntTSL 316.86■□□□□ 0.295e-7■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 HAUS4-214ENST00000554516 983 ntTSL 216.34■□□□□ 0.215e-7■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 ZNF687-203ENST00000426871 3277 ntTSL 213.52□□□□□ -0.245e-7■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 HAUS4-211ENST00000554373 896 ntTSL 513.49□□□□□ -0.255e-7■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 ZNF687-206ENST00000449313 4185 ntTSL 513.06□□□□□ -0.325e-7■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 WNK4-206ENST00000592669 581 ntTSL 412.59□□□□□ -0.395e-7■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 HAUS4-210ENST00000554349 750 ntTSL 39.61□□□□□ -0.875e-7■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 HAUS4-221ENST00000557591 582 ntTSL 56.84□□□□□ -1.315e-7■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 PLEKHJ1-203ENST00000586497 573 ntTSL 322.9■■□□□ 1.262e-6■■■■□ 25.1
SF3A3Q12874 KIFC3-219ENST00000565270 1081 ntTSL 522.13■■□□□ 1.133e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 USP7-203ENST00000542333 1966 ntTSL 28.91□□□□□ -0.983e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.471e-7■■■■□ 25
SF3A3Q12874 NDRG1-223ENST00000522665 411 ntTSL 214.57□□□□□ -0.085e-7■■■■□ 25
SF3A3Q12874 SKIV2L-211ENST00000485349 734 ntTSL 214.34□□□□□ -0.112e-16■■■■□ 25
SF3A3Q12874 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.963e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.683e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.613e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 CAMKK2-215ENST00000544485 543 ntTSL 418.66■□□□□ 0.583e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 CAMKK2-210ENST00000535524 809 ntTSL 217.75■□□□□ 0.433e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 CAMKK2-203ENST00000347034 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.293e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 CAMKK2-211ENST00000538733 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.243e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 CAMKK2-214ENST00000543477 563 ntTSL 416.42■□□□□ 0.223e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 CAMKK2-201ENST00000324774 5598 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.213e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 FCHSD2-204ENST00000409418 3154 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.172e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 CAMKK2-202ENST00000337174 5304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.123e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 CAMKK2-209ENST00000446440 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.113e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 CAMKK2-204ENST00000392473 2967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.073e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 FCHSD2-203ENST00000409314 4509 ntTSL 5 BASIC7.74□□□□□ -1.172e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 FCHSD2-201ENST00000311172 4340 ntTSL 1 (best) BASIC7.29□□□□□ -1.242e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 FCHSD2-208ENST00000458644 2215 ntTSL 2 BASIC6.36□□□□□ -1.392e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 PTTG1IP-205ENST00000474737 580 ntTSL 313.1□□□□□ -0.312e-8■■■■□ 25
SF3A3Q12874 PTTG1IP-207ENST00000494690 612 ntTSL 511.12□□□□□ -0.632e-8■■■■□ 25
SF3A3Q12874 D2HGDH-207ENST00000437164 269 ntTSL 513.42□□□□□ -0.265e-7■■■■□ 25
SF3A3Q12874 WDR73-208ENST00000559126 2031 ntTSL 219.25■□□□□ 0.672e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 WDR73-213ENST00000559994 2063 ntTSL 515.4■□□□□ 0.062e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 WDR73-207ENST00000559015 2140 ntTSL 215.31■□□□□ 0.042e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 WDR73-202ENST00000434634 5387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.162e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 WDR73-201ENST00000398528 1915 ntTSL 1 (best)13.6□□□□□ -0.232e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 WDR73-217ENST00000560835 582 ntTSL 28.48□□□□□ -1.052e-6■■■■□ 25
SF3A3Q12874 WDR73-221ENST00000561447 560 ntTSL 48.31□□□□□ -1.082e-6■■■■□ 25
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