Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms