Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 COL4A3BP-203ENST00000380494 5651 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SCN1BQ07699 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.5 ms