Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.6 ms