Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.1 ms