Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms