Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 ZBTB10-202ENST00000426744 9878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.9 ms