Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms