Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC23■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC23■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC23■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SCN4AP35499 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms