Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS54Q9P1Q0 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.9 ms