Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms